ITS序列是真菌和霉菌分类中极其重要的一项技术手段，通常是指真菌细胞内转录组中包含有大量的内转录间隔区域（ITS）DNA片段，并且ITS序列的长度在各个物种之间存在显著的变异性，是真菌系统分类和分子生态学研究中的重要手段。
ITS序列的长度通常在400〜500 bp之间，其中包含5.8S rRNA和18S rRNA基因之间的内转录间隔区域的DNA序列。由于ITS序列的大量可变性和稳定性，使其成为真菌物种分离和鉴定中最有效的分子标记之一，进一步加强了ITS序列在真菌分类研究中的应用价值。
同时，ITS序列应用技术极其成熟，分析周期非常短，所以ITS序列也被广泛应用于真菌和霉菌的物种鉴定、群落结构分析和生态位研究。尤其是在土壤生态系统中的研究中，ITS序列的应用使真菌的生物多样性研究得以快速高效的展开，为土壤生态系统的持续保护和治理提供了重要的技术支撑。
