市政府秘书长是市政府机构设置中的一个职务，隶属于市政府党组、政府领导班子，是市政府的智囊、参谋，是市长的得力助手。
市政府秘书长的级别一般为副厅级，也有的是正厅级。副厅级市政府秘书长的权力主要是协助市长制定和执行市政府的工作计划、决策和重大项目规划；组织协调市政府的全局工作，落实中央、省有关文件和决策；积极承接人大城建环资委、政协城市建设环保委等部门的工作，为市政府决策、服务和管理等提供科学分析和决策建议等。
正厅级市政府秘书长权力更高，除了以上工作之外，更需承担市长安排的特定任务。一般职务职级为厅级的市长所选拔。
市政府秘书长在市政府的层级排名是相对较高的，对于市政府工作起到了重要的协调、决策、服务和管理等作用。